日军占领香港后，把香港作为支持太平洋战争的重要交通枢纽，开辟了从广州至香港经汕头到台湾的海上运输线，从日本把武器装备运到华南和东南亚，又从华南把掠夺来的战略物资运回日本。后来遭到盟军飞机的轰炸，日军在这条运输线上，除继续使用大型运输船外，主要使用排水量数百吨的小型运输船、机帆船和风帆大船，靠近海航行。因此，大鹏湾、大亚湾和九龙半岛东部海域及大屿山、内伶仃洋海域是日军海上运输必经的海道。东江纵队为控制大亚湾、大鹏湾一带海域，破坏日军的运输线，同时也保护我海上运输和来往客商，决定以海上独立中队为基础扩建为护航大队，在大鹏半岛以东、大亚湾海域及稔平半岛一带活动；将港九大队海上小队扩建为海上中队，并在大鹏湾内及九龙西贡沿海至担杆岛一带活动。两支海上部队相互配合，相互策应，开展海上游击战。

    1943年2月，驻大埔等地的日军炮艇加强了海上巡逻，妄图伺机消灭我海上部队，控制这一带海域。港九大队海上中队4艘武装船（在风帆船上配备大口径平射机枪或重机枪和1个步兵班）出海执行巡逻任务，在坪洲海面与日军两艘炮艇遭遇。由于火力和机动性能悬殊，我武装船即返航到坪洲沙滩，部队登陆占领制高点，与追来的敌炮艇展开激战，重伤敌炮艇1艘，毙伤敌数人。7月间，护航大队侦悉1艘日海军运输船停泊在大鹏湾里岩角修理机器，遂出动5艘武装船，利用夜暗隐蔽接近敌船。突击队迅速从敌船两舷爬登，向舱室投了两颗“渔炮”（用甘油炸药制成的炸药包），并以短枪猛烈射击，仅几分钟即全歼船上日军水兵，除毙伤者外俘虏7人，缴获了全部武器和物资。

日军为了确保其海上运输线的安全，阻止我海上部队进入大亚湾，收编了盘踞在红海湾龟灵岛的海匪100多人成立伪海军1个大队窜到大亚湾，3艘较大型的武装木帆船“大眼鸡”停泊在马鞭岛近海域。护航大队奉命于7月6日晚突袭马鞭岛，一举全歼伪海军大队，接着又将伪海军企图重占马鞭岛的两艘“大眼鸡”击退。从此，护航大队海上部队在巽寮等地建立了基地，牢牢地掌握着大亚湾的控制权。

1943年10月上旬，护航大队4艘武装船于夜间出击停泊在大亚湾鹿咀的1艘日军运输船。我船分成扇形战斗队形，靠上敌船左右两舷并突然发动攻击，掩护突击组迅速爬登敌船，用“渔炮”炸死日军水兵4人，缴获船上武器和物资，烧毁敌船后胜利返航。

港九大队海上中队与护航大队并肩展开海上战斗。11月下旬，海上中队两艘武装船在西贡以东果洲的外海巡逻，发现日海军机帆船拖带1艘“大眼鸡”驶向香港方向。我武装船即向敌机帆船展开攻击，敌机帆船一面还击，一面急忙砍断拖带“大眼鸡”的缆绳，开足马力向香港逃去。“大眼鸡”为我缴获，船上装载的陶瓷器、高丽参和数十吨白报纸成为我军战利品。

驻沙头角日军为了夺回大鹏湾海域的控制权，组成一支由日军军曹当队长、配有3艘武装木船的伪“海上挺进队”，停泊在大鹏湾内的黄竹角作为“活动据点”，企图借此切断我港九大队由九龙大埔渡海经盐田、大小梅沙通往惠宝抗日根据地的海上交通。

1944年11月间，海上中队发现大鹏湾黑岩角停泊着1艘日军运输船，立即出动3艘武装船，成三角队形全速冲向敌船。

1945年8月初旬，海上中队3艘武装船出海巡逻，在大浪口海面发现1艘日军运兵船，当即快速前进接敌。在距敌船300米时，敌船先向我船开火，我船的轻重机枪立即还击，双方展开激烈的海战。

活跃在珠江口海域的港九大队大屿山中队海上小队，在元朗中队海上小队配合下，从1944年春至1945年夏，先后缴获日军满载物资的运输船、机帆船22艘。

东江纵队护航大队和港九大队海上中队在大亚湾和大鹏湾开展海上游击战3年多，共俘获敌船43艘，击沉敌船7艘，俘日军36人，击毙日军52人，淹死日军40多人，俘伪军50多人，击毙伪军近100人，缴获轻机枪5挺，步枪50支，山炮1门，物资一大批。

东江纵队司令员曾生、政治委员林平高度评价这支被人们称誉为中国的“土海军”，指出：护航大队和港九大队海上部队驰骋在南海之滨，勇敢在以小船攻打敌人大船，多次取得击沉或俘获敌船、全歼敌人的重要战果，使大亚湾和大鹏湾成为我军的内海，应予高度赞扬。