港九大队根据港九地区的特点，分别组成了短枪队、长枪队和海上队。长枪队在沙头角地区活动，主要任务是消灭土匪，保卫领导机关；海上队活动于西贡半岛沿海，主要任务是消灭海匪，运送物资、武器和护商、护渔；短枪队分别成立西贡区、沙头角区、坑口区和元朗区4支短枪队。短枪队初期主要是护送从香港脱险回内地的文化界人士和爱国民主人士，其基本任务是发展人民抗日武装力量，打击日伪军。

    港九大队成立后，派出大批民运队员广泛开展群众工作。队员深入到九龙新界的650多个村庄，向群众宣传共产党的抗日主张，办文化夜校，组织抗日联防会、妇女会、儿童团等群众组织。群众觉悟提高了，纷纷要求参加港九大队，参加抗日自卫队，参加抗日救亡工作。同时，广泛开展抗日民族统一战线工作，团结、争取一切赞成抗日的力量，在一些村子建立了“白皮红心”政权，村长表面上是敌伪的人，实际上为游击队做事。民运队员艰苦努力的工作，为港九大队在港九地区建立抗日游击基地打下坚实的群众基础。

    港九地区地域狭小，又多是日伪军警林立的城区和圩镇，活动回旋余地不大。据此，港九大队充分发挥短枪队高度灵活的优势，采取机动灵活的战术，以打小仗、打巧仗为主。短枪队时聚时散，来去无踪，声东击西，掌握各种时机进行破袭战、奇袭战、伏击战、捕捉战，有力地打击敌人。

    沙田短枪队在队长黄冠芳、副队长刘锦进（刘黑仔）带领下，在沙田地区和九龙市区展开活动。1942年秋冬，在狮子山下，短枪队与日军遭遇，队员们以勇猛动作突然开火，全歼日军1个班。在茶果岭小冷室，短枪队员眼明手快，击毙日军翻译林老虎和两名宪查。短枪队员化装成客家妇女和小商贩接近日军牛池湾哨所，全歼包括日军伍长在内的宪查16人。短枪队在铁矿通往九龙市区的公路旁设伏，活捉了日本高级特务东田正之。接着，几名队员一身“捞家”（土匪、恶霸的别称）打扮，开着刚缴获的小汽车，直闯九龙市区著名的金龙酒家，击毙作恶多端的汉奸特务肖九如。短枪队3名队员驾1只小船闯进九龙太古船坞海面跳过敌船，活捉了两名日本密探。短枪队在观音山脚下的窝塘村，在抗日自卫队的配合下，夜袭日军兵营，全歼日军1个工兵班，缴获1挻轻机枪和11支长短枪。沙田短枪队神奇地袭击日军和汉奸密探，经历了数十次战斗，屡获战果，令敌伪闻风丧胆。刘锦进（刘黑仔）成了名扬广九的传奇式英雄人物。

    1943年春夏以后，各个短枪队和民运队紧密配合，进一步发动和组织群众，巩固抗日游击基地，发展新区。广大农民、渔民和城市青年踊跃参加部队。港九大队以各地区短枪队为基础，先后建立了沙头角中队、海上中队、西贡中队、元朗中队、大屿山中队和市区中队。至此，港九大队发展为拥有5个地区中队、1个海上中队、2个长枪中队和1个直属中队约800人的抗日武装队伍。

    港九大队的迅速发展，频频出击，使日军为之震惊。日军为了确保香港这个“中转站”、“补给站”的安全，继续推行其“强化治安运动”。从1943年春开始，先后对西贡、沙田、沙头角、上水、大埔、元朗等地区进行“清剿”“扫荡”。进入1944年，日军各种规模的“扫荡”月月都有，仅5月份竟达8次之多；上半年进行了两次出动兵力1000人以上的“大扫荡”。港九大队与敌人针锋相对，展开了一场艰苦卓绝的反“扫荡”斗争。

    2月11日，日军出动1000多人，陆海空配合，采取“分区拉网”、“远道奔袭”、“拉锯清剿”等战术，对沙田、西贡地区进行所谓“梳篦扫荡”，妄图将港九大队主力一网打尽。港九大队以西贡中队在内线坚持山地麻雀战，巧妙地与敌周旋；短枪队则挺进九龙市区，神出鬼没地袭击敌人，展开外线作战。2月13日，刘锦进带3名队员化装成日军军官和士兵，直奔九龙塘，处决了日军九龙宪兵司令部的翻译汉奸陆通译。日军甚为震动，在九龙市区实行宵禁。接着，黄冠芳和刘黑仔带突击组乘夜间进入启德机场纵深，用定时炸弹炸毁日军1座油库和1架飞机。同时，港九大队市区中队爆炸了亚皆老街的4号火车桥，并在市区散发传单，加强政治攻势，扬言游击队要攻打日军南支派遣军司令部。日军惊慌起来，不得不将进山“扫荡”的部队撤回市区加强守备。港九大队就这样粉碎了日军的一次“扫荡”。

    4月间，日军出动2000多人纠合伪军600多人，并出动舰艇数十艘、飞机4架，对港九大队大屿山抗日基地进行历时21天的“大扫荡”。大屿山中队采取避敌锋芒、分散活动、隐蔽待机的办法，与强敌周旋。在此期间，港九大队组织其他地区的部队主动出击，以牵制日军的行动。短枪队于4月12日袭击了靠近九龙市区的牛池门类日军哨所，歼敌6人，缴长短枪6支；西贡中队于4月17日袭击了官坑庙日军驻地，歼敌20人，缴长短枪20支；沙头角中防于4月26日袭击元朗日军宪兵哨所，歼敌5人，缴长短枪5支。进入5月，日军“扫荡”部队终于撤出大屿山。大屿山中队从深山密林的隐蔽地走出来，接连镇压了一批勾结日军的汉奸特务，袭击了塘福村和石壁村的伪军，迫使伪军撤出这两个据点，又袭击了大澳镇伪警局、马湾涌伪警察所、梅窝日军小分队，共歼敌50多人，缴长短枪50多支。沙头角中队中队长曾春在战斗中牺牲。

    港九大队在具有爱国光荣传统的广大人民支援下，不断取得反“扫荡”和出击敌人的胜利。但同时也付出不小的代价。1943年3月3日，大队政训室在沙头角七木桥村的山沟里隐蔽，遭到日军100人的突然袭击。政训室干部和战士英勇奋战。事务长曾福拿起冲锋枪占领制高点，用火力掩护大伙突围不幸中弹牺牲。炊事员也拿起步枪投入战斗。小交通员同敌人进行肉搏受了重伤。由于敌我力量悬殊，经激烈战斗，政训室除少数人冲出敌人包围圈外，干部丘国章、彭泰隆、符志光、曾福等在战斗中牺牲。3人受伤被俘后惨遭杀害。宣传干事陈冠时，民运干事王月娥因汉奸告密被捕，坚贞不屈，壮烈牺牲。同年5月间，大屿山中队中队长刘春祥带领包括班排干部在内的11人小分队，从东涌乘小船出发去龙鼓滩岛，在沙洲海面遭到两艘日军炮艇截击，小船被击沉，刘春祥等11名同志全部牺牲。